Annak ellenére, hogy Hunyadi Mátyás néhány alkalommal sikerrel vonult a török ellen, a magyarok rövidesen katasztrofális vereséget szenvednek I. Szulejmántól 1526-ban. A fiatal II. Lajos király elesett a Mohács melletti ütközetben.
Mohács után következett Buda, 1541-ben a török oda is bevonult. A nagy zűrzavar közepette az ország három részre szakadt másfél száz évig. Az ország középső részét a Török Birodalomhoz csatolták, a keleti országrész és az Erdélyi Fejedelemség külön irányítás alatt, de török ellenőrzés mellett működik, míg a megmaradt nyugati és északi területeket a Habsburgok foglalták el, és ezzel ütköző zónát hoztak létre, ahol a nyugat felé mozgó török sereget feltartóztathatták.
A korábbi egységes, rendezett ország a Habsburg és a Török Birodalom között határvidék, az egymással szemben álló felek örökös csatározásának és ellenséges viszályának színtere lett.
A török uralom alatt nehéz évek vártak a magyarokra. Óriási területek néptelenedtek el, az Alföld jelentős részén műveletlen, gondozatlan mocsaras és használhatatlan ingoványos földek terpeszkedtek.
Magyarország hőse Zrínyi Miklós szigetvári kapitánynak és csapatának 1556-os hőstette méltán egyik legismertebb legendája a magyar történelemnek. Zrínyi, 2.400 fős délceg seregével, magyar és horvát katonákkal védte Szigetvár várát. A 33 napos ostrom alatt 100.000 török vonult a vár ellen I. Szulejmán vezetésével. Zrínyi a Habsburg támogatást visszautasítva, önfeláldozó támadást intézett az ostromlók ellen. A csatában Szulejmán és 20.000 katonája vesztette életét.
A 17. századra nyilvánvalóvá vált, hogy az Oszmán Birodalom nem képes tovább növelni európai területeit, de a század végén azonban még mindig olyan erőt képviselt, hogy kiűzése Magyarországról csak európai segítséggel valósulhatott meg. A régen várt béke azonban még sokat váratott magára.
Paraszt felkelés Mátyás király 1490-es halála jelezte egy dinamikusan fejlődő korszak végét. A nemesség tovább sarcolta a parasztságot, akik fellázadtak földesuraik ellen 1514-ben Dózsa György vezetésével. Több, mint 70 000 embert kínoztak meg és végeztek ki, a lázadás elfojtása után, Dózsa Györgyöt pedig elevenen megégették. Werbőczy István Hármaskönyve (Tripartitium) a nemesség társadalmi helyzetét, politikai gondolkodását 1848-ig döntően meghatározta.
